有机肥可提高土壤有机质含量，改良土壤理化性质。能够增加土壤的通气性、透水性、蓄水性，改善根系生长环境，增强土壤的保水保肥能力。有机肥为土壤提供了大量有机养分和活性物质，如氨基酸、DNA、RNA、胡敏酸、糖类以及核酸的降解产物是化学肥料无法提供的，这些物质均可供作物直接吸收，并刺激根系生长。
其中有机肥含有大量微生物，能加速土壤中有机态养分的分解和循环。大量施用化学肥料或养分配比不当均会导致农产品品质下降，如果有机肥和化肥配合施用，可提高作物的蛋白质、氨基酸的含量，同时也使蔬菜当中的硝酸盐含量下降，维生素C含量上升。
植物体内氨基酸含量的增加，有助于植物的抗旱，从而增强植物抗逆性和抗病虫害的能力。为此，农民在购买有机肥应注意以下三个方面:
一是 看原料要了解产品所用原料是否优质。目前有机肥厂家所用比较好的有机原料为豆粕、芝麻粕、糖渣、木薯渣、菌体蛋白、氨基酸、腐殖酸、烟末等，有的还加入骨粉、贝壳粉等钙质原料。
二是看微生物菌种配比是否科学优良菌种的酶系全面，酶活性较高，其分泌的纤维素酶、木聚糖酶、聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖裂解酶等的酶活性都可达到工业用菌株要求，耐受力强。通过优良微生物菌剂的添加，可大大缩短腐熟周期，提高腐熟效果。
三是选择当地信誉较好的有机肥生产企业。好产品腐熟度高，肥效持久；腐熟度不够很容易造成作物烧苗。我市较好的企业有巴彦淖尔市德源肥业有限公司和五原县润泽生物有机肥有限责任公司。
